El Plan Pastoral del Colegio San Marcos es el documento que contiene y da marco a la actividad pastoral de la Comunidad Escolar. El objetivo de este es dar una orgánica al quehacer pastoral, permitiendo al estar escrito, que todos los estamentos de la comunidad lo puedan conocer, integrarse y contribuir a su implementación y desarrollo. 

El plan tiene una duración mínima de tres años, sin perjuicio de la constante evaluación por parte de la dirección del colegio, pudiendo así cumplir con los ciclos de implementación, ejecución y evaluación.  

El Equipo Pastoral del Colegio San Marcos, depende de la Coordinación de Formación y Pastoral, siendo el responsable de planificar y ejecutar las actividades propias de la pastoral, de acuerdo al Plan Pastoral y a las líneas establecidas por la dirección del Colegio.

Para ello, el equipo está conformado por:

• Coordinador de Formación y Pastoral.
• Encargado de Pastoral del Colegio.
• Encargado de Pastoral de cada Ciclo.
• Capellán.